Les élèves bénéficient de droits garantis, individuels et collectifs, qui protègent leur liberté et favorisent le développement de leur autonomie. Ils ont le droit au respect de leur intégrité physique, le droit au respect de leur liberté de conscience et le droit au respect de leur travail et de leurs biens. Ils disposent de la liberté d’information et du droit d’expression individuelle et collective et, par l’intermédiaire de leurs délégués pour les collégiens, du droit de réunion. Les lycéens disposent également du droit d’association et du droit de publication.

Au cours de leur scolarité au collège puis au lycée, les élèves apprennent à être plus autonome par une prise en charge progressive de la responsabilité de certaines de leurs activités. Les élèves bénéficient de plus de liberté lorsqu’ils participent à des études autonomes, à des repas ou clubs en autodiscipline, à du tutorat pour aider d’autres élèves, etc.

Ces droits s’exercent dans le respect du pluralisme, des principes de neutralité et du respect d’autrui : tout propos diffamatoire ou injurieux est proscrit. L’exercice de ces droits et libertés ne doit pas non plus porter atteinte aux activités d’enseignement, au contenu des programmes et aux obligations qui incombent aux élèves, notamment en matière d’assiduité et de travail scolaire.

L’exercice de ces libertés doit être concilié avec les nécessités d’organisation et de fonctionnement de l’établissement scolaire. De ce fait, la participation à des activités autonomes nécessite de faire preuve d’autodiscipline. De plus, la diffusion ou l’affichage de tout document doit comporter la date et la signature nominative de son auteur ou de ses auteurs, et être soumise au préalable au chef d’établissement qui la vise et décide de son emplacement, de sa suspension voire de son interdiction en cas d’éléments à caractère injurieux ou diffamatoire ou en cas d’atteinte grave aux droits d’autrui ou à l’ordre public. Enfin, l’organisation d’une réunion d’information implique une demande écrite préalable auprès du chef d’établissement : au collège cette demande émane des élèves délégués pour l’exercice de leurs fonctions ; au lycée cette demande est à l’initiative des associations déclarées et autorisées par le conseil d'administration ou d’un groupe de lycéens de l’établissement pour des réunions qui contribuent à l’information des lycéens. Dans l’un ou l’autre cas, cette demande mentionne le cas échéant le souhait motivé de participation de personnalités extérieures, et propose systématiquement par anticipation une organisation en dehors des cours prévus dans les emplois du temps des participants et dans les horaires d’ouverture de l’établissement. Elle doit également impérativement prévoir de respecter les conditions tendant à garantir la sécurité des personnes et des biens et mentionner de ne pas porter atteinte au fonctionnement normal de l’établissement ou contrevenir aux principes du service public de l’enseignement.