Présidé par le chef d'établissement qui arrête le programme annuel de ses travaux, fixe l’ordre du jour, les dates et heures des séances, le conseil pédagogique a pour mission de favoriser la concertation entre les professeurs, notamment pour coordonner les enseignements, les modalités d’évaluation des acquis scolaires et de notation et la mise en œuvre de l’accompagnement pédagogique et du suivi éducatif, le contenu et la forme des bilans régulièrement communiqués à l’élève et à ses responsables. Il prépare la partie pédagogique du projet d'établissement et, dans ce cadre, cherche à développer des projets pédagogiques et actions éducatives collectifs qui permettent aux élèves de bien vivre au sein de l’établissement comme de bien y réussir. Projets et actions visent à mieux accompagner les élèves dans leur travail scolaire en développant la confiance en sa capacité à réussir et à progresser, à mieux les conseiller en vue d’une poursuite d’études, que la voie choisie soit générale, technologique ou professionnelle, à mieux les préparer à l’exercice d’une citoyenneté responsable dans la société contemporaine de l’information et de la communication.

Le conseil pédagogique fait toute suggestion au chef d'établissement en vue de la désignation par ce dernier des enseignants qui participeront au conseil école-collège d’une part, et qui, enseignant en classe de sixième, participeront au conseil du cycle 3 dans les écoles scolarisant les élèves du secteur de recrutement du collège.